Электронные книги по НДС подписывать не обязательно
При хранении книги покупок и книги продаж в электронном виде их не требуется подписывать усиленной квалифицированной электронной подписью.
По правилам книги покупок и книги продаж (а также дополнительные листы к ним) должны хранитьс не менее 4 лет с даты последней записи. При этом правилами ведения и хранения этих документов установлено, что они подписываются усиленной квалифицированной электронной подписью при их передаче в ИФНС.
Соответственно, подписывать оформленную в электронном виде книгу покупок и/или книгу продаж следует лишь тогда, когда Вы направляете ее в инспекцию по ТКС (в том числе в рамках камеральной проверки).