Как подготовить и представить пояснения по требованию ИФНС при проверке

Когда ИФНС может требовать пояснения
ИФНС может запросить пояснения у вашей организации при проведении камеральной проверки. При выездной проверке инспекторы могут запрашивать пояснения по выявленным нарушениям, чтобы уточнить вашу позицию по ним (Письмо ФНС от 13.08.2014 N ЕД-4-2/16015).
Организация может представить пояснения и без требования ИФНС, например при подаче уточненной декларации.

Как составить пояснения
Пояснения составляются в произвольной форме. А при камеральной проверке декларации по НДС - в электронной форме по утвержденному ФНС формату (п. 3 ст. 88 НК РФ, Письмо ФНС от 11.01.2018 N АС-4-15/192@).
Содержание пояснений зависит от того, есть ли в декларации ошибки и насколько они существенны (каков их характер). Поэтому, получив из ИФНС требование о представлении пояснений, проверьте, правильно ли вы заполнили проверяемую декларацию (расчет).
Вариант 1. Декларация заполнена правильно, и налог к уплате не занижен. Тогда в пояснениях укажите, что вы не допустили ошибок при заполнении декларации и оснований для ее исправления нет. Также разъясните, почему выявленные ИФНС расхождения (несоответствия и т.п.) не являются ошибкой (Письмо ФНС от 03.12.2018 N ЕД-4-15/23367@).
Например, ИФНС нередко запрашивает объяснение причин несоответствия сумм выручки в отчете о финансовых результатах и декларациях по НДС за тот же год. Это может быть обусловлено тем, что часть ваших операций по реализации товаров (работ, услуг) не облагается НДС.
Вариант 2. Ошибки в декларации есть, но они не привели к занижению налога. Часто такие ситуации вызваны сбоями в компьютерных программах или несоблюдением порядка заполнения декларации.
При таких ошибках можно указать в пояснениях причины допущенных ошибок и тот факт, что они не привели к занижению налога. Вместо пояснений вы можете подать уточненную декларацию, в которой ошибки будут исправлены (п. 1 ст. 81, п. 3 ст. 88 НК РФ, Письмо ФНС от 03.12.2018 N ЕД-4-15/23367@).
Вариант 3. Ошибки в декларации привели к занижению налога. В этом случае вы должны подать в ИФНС уточненную декларацию (п. 1 ст. 81 НК РФ, Письмо ФНС от 03.12.2018 N ЕД-4-15/23367@). Представлять пояснения в такой ситуации уже не обязательно. Однако вы можете это сделать, если хотите сообщить ИФНС причины допущенных ошибок.
Как представить пояснения
Пояснения можно представить в ИФНС на бумаге или в электронном виде по ТКС. Исключение - пояснения, истребованные при камеральной проверке декларации по НДС. Их можно представить только в электронном виде по ТКС. Если сдать на бумаге, они будут считаться непредставленными (Письма ФНС от 03.12.2018 N ЕД-4-15/23367@, от 11.01.2018 N АС-4-15/192@).
К пояснениям можно приложить выписки из учетных регистров и другие документы, подтверждающие доводы, которые вы приводите в пояснениях (п. 4 ст. 88 НК РФ).
Если истребованные при камеральной проверке декларации пояснения или уточненная декларация не представлены в ИФНС в пятидневный срок, на организацию наложат штраф 5 000 руб. За повторное нарушение в течение календарного года штраф составит 20 000 руб. (п. п. 1, 2 ст. 129.1 НК РФ).