Если у одного контрагента первичка электронная, у другого она не может быть бумажной

Электронную первичку, которую вам направил контрагент, можно подписать только электронной подписью. 

Распечатать документ и заверить его собственноручной подписью нельзя. ФНС объясняет это так: контрагенты не могут подписать один документ разными способами (один - электронной подписью, а другой - собственноручной). Данное различие противоречит Закону об электронной подписи.